PCR Efficiency Calculation        
  This section is used to calculate the PCR Efficiency for your Reference Gene and your Target Gene. The PCR Efficiency is important in order to determine the relative quantification method to use.        
                               
  PCR Efficiency: Reference Gene        
  The reference gene is the gene that is used to compare the gene expression to your target gene. In this section, enter your average Ct values for your reference gene dilutions in order for the calculator to compute your PCR efficiency.        
                               
  NOTE: Dilutions are done for the gene - before your controls and your treatments              
    Dilution Factor   Average Ct   Log10 (Dilution Factor)            
    1.00000                
                   
                   
                   
                   
    Slope                  
                         
    Formula: Efficiency (%) = (10-1/slope -1) x 100            
                         
    PCR Efficiency                  
                         
                         
                               
  PCR Efficiency: Target Gene        
  The target gene is the gene you want to know the expression. As the expression is relative, you need a reference gene to compare your target gene.        
                               
  NOTE: Dilutions are done for the gene - before your controls and your treatments              
    Dilution Factor   Average Ct   Log10 (Dilution Factor)                  
    1.00000                      
                         
                         
                         
                         
                               
    Slope                        
                               
    Formula: Efficiency (%) = (10-1/slope -1) x 100                  
                               
    PCR Efficiency                        
                               
                               
  Relative Quantification: Livak Method        
                               
The Livak method for relative quantification assumes PCR efficiencies of the target and reference genes should be between 90 and 100%. Otherwise, you should use the Pfaffl method.

This calculator generates ∆Ct for control and treatment, the ∆∆Ct and  provides with the expression ratio of your experiment using the Livak Method
           
           
                               
    Ct Average (Target, Treatment)                    
                               
    Ct Average (Reference, Treatment)                    
                               
    Ct Average (Target, Control)                    
                               
    Ct Average (Reference, Control)                    
                               
    ΔCt (Treatment)                        
                               
    ΔCt (Control)                        
                               
    ΔΔCt                        
                               
    Expression Ratio                        
                               
                               
                               
  Relative Quantification: Pfaffl Method  
                         
The Pfaffl method assumes different reaction efficiencies for the reference and target genes. And it considers the PCR efficiency in the equation.

If your PCR efficiencies are between 87% and 95%, you can use the Pfaffl Method

This calculator needs the PCR efficiencies in the formula for the target and reference genes. It converts the PCR efficiencies into integer numbers. Then use ∆Ct for control and treatment to calculate the the expression ratio.
     
     
                               
    Part 1 PCR Efficiency Integer Conversion
This section converts the above PCR efficiency numbers into integers, which are used for the Pfaffl Method. 		       
           
                               
        Efficiency Percent   Efficiency Integer                  
    PCR Efficiency Reference Gene                      
                               
    PCR Efficiency Target Gene                      
                               
                               
    Do you have PCR Efficiencies to manullay enter? Use the drop-down menu in the field immediately below to select.              
                 
                               
    Enter PCR Eff. ?  
                     
                               
        Efficiency Percent   Efficiency Integer                  
    PCR Efficiency Reference Gene                      
                               
    PCR Efficiency Target Gene                      
                               
                               
                               
                               
    Part 2 Sample Data Input
Use this section to input data about your control and treatment samples for your reference and target genes. 		       
           
                               
    Data Input: Reference Gene          
    Sample Name   Ct Value: Reference   Avg Ct Value: Reference   ΔCt Reference gene              
    Control 1     Averages the control samples.                
    Control 2                    
    Control 3                    
    Control 4                    
    Control 5                      
                             
    Treatment 1                      
    Treatment 2                      
    Treatment 3                      
    Treatment 4                      
    Treatment 5                      
                               
                               
    Data Input: Target Gene          
    Sample Name   Ct Value: Target   Avg Ct Value: Target   ΔCt Target gene              
    Control 1     Averages  the controls samples.                 
    Control 2                    
    Control 3                    
    Control 4                    
    Control 5                      
                             
    Treatment 1                      
    Treatment 2                      
    Treatment 3                      
    Treatment 4                      
    Treatment 5                      
                               
                               
                               
    Part 3 Sample Outputs
This section will generate the expression ratios for your treatment/control, as well as your average gene expression and standard deviation. 		       
           
                               
        Expression ratio: treatment/control   Average Gene Expression   Standard Deviation              
    Control 1                    
    Control 2                    
    Control 3                    
    Control 4                    
    Control 5                    
                               
    Treatment 1                    
    Treatment 2                    
    Treatment 3                    
    Treatment 4                    
    Treatment 5